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11.农林渔业局改为农业和渔业局
为适应深圳城市化进程，实现林业与园林的统一管理，将农林渔业局的林业管理职责划入城市管理局，农林渔业局改为农业和渔业局，挂海洋局牌子，城市管理局挂城市管理行政执法局牌子。
12.组建应急管理办公室
目的：提高政府处置突发应急事件的能力。
整合的部门：将应急指挥中心、民防委员会办公室(地震局)的职责，安全管理委员会办公室的安全生产综合协调职责，整合划入应急管理办公室，由市政府归口联系。
应急管理办公室挂安全管理委员会办公室和安全生产监督管理局、民防委员会办公室(地震局)的牌子。
不再保留的部门：应急指挥中心。
13.完善安全生产监督防御体制，强化安全生产职责
为进一步强化和落实责任，使行业管理与安全生产紧密结合，促进行业政策标准制定与安全生产监督执行形成合力，将安全生产监督管理局的工矿商贸企业及危险化学品安全生产监管等职能划入相关行业主管部门，将安全管理委员会办公室的安全生产综合职能划入应急管理办公室，应急管理办公室挂安全管理委员会和安全生产监督管理局的牌子后，安全生产监管形成应急办综合协调，各行业主管单位各司其职的新格局。
14.调整法制办、金融办职能
法制办、金融办主要协助市长处理专项事务，不具有面向社会的公共管理职能，由办公厅归口联系，法制办挂市人民政府法律顾问室、市人民政府行政复议办公室牌子。
15.调整民族宗教事务局、侨务办公室职能
侨务办公室列入市委统战部，市委统战部挂侨务办公室牌子。
民族宗教事务局由与市委统战部合署办公改为在市委统战部挂牌。
16.国有资产监督管理委员会更名为国有资产监督管理局
17.不再保留市委驻深单位工作委员会
市委驻深单位工作委员会有关驻深单位管理的政府职能划入科技工贸和信息化委员会，驻深单位党的工作职责划入市委直属机关工作委员会。
机构改革呈现四大特点
深圳经济特区成立以来，对行政管理体制先后进行了7次大的改革。本次机构改革与以往几次相比，具有四大特点：
特点一：重点明确
此次机构改革并不是对机构进行简单的拆分，而是紧紧抓住政府职能转变这个核心，既从宏观上重点厘清政府、市场、社会的边界，又从微观上改革行政审批制度；既突出城市政府这个“大基层”特点，又注重特区之“特”的要求。
特点二：涉及面广
除教育、民政等个别机构暂不作调整外，深圳市政府其他工作部门、直属机构等都纳入了调整规范，共减少机构15个。即使暂不作调整的部门，也将按照转变职能的新要求重新进行“三定”，如此广范围、大力度的改革在全国尚不多见。
特点三：纵深推进
此次机构改革着重解决制约深圳经济社会发展中的深层次矛盾和问题，进一步明确新形势下政府定位，建设人民满意的政府；既强调完善经济管理，又把加强城市管理、社会管理、公共服务职能放到突出位置；既着力优化行政管理体制机制，又重在解决特区内外二元化发展问题。
特点四：突出创新
此次机构改革在政府职能转变方面迈出新步伐，在探索实行职能有机统一的大部门体制方面取得新突破，在完善行政运行机制方面进行新探索。
部门职能定位
此次机构改革后深圳市政府机构统称为工作部门，根据部门职能定位作出区分：
委：主要承担制定政策、规划、标准等职能并监督执行的大部门。
局：主要承担执行和监管职能的机构。
办：主要协助市长办理专门事项、不具有独立行使管理职能的机构。
委、局对市政府负责，委对局的重大政策、重要事项进行统筹协调，对执行情况实行监督和综合指导，局对委进行政策反馈和建议。一部分主要承担执行和监管职能的局，由主要承担制定政策、规划、标准等职能的委归口联系。
