下列刑事案件中，应由公安机关立案侦查的是（    ）。

参考解析：

本题考查监察法。
选项A，甲属于国家工作人员，甲的行为性质涉嫌贪污罪，应由监察委立案调查，法条根据：《中华人民共和国监察法》第十一条：监察委员会依照本法和有关法律规定履行监督、调查、处置职责：（二）对涉嫌贪污贿赂、滥用职权、玩忽职守、权力寻租、利益输送、徇私舞弊以及浪费国家资财等职务违法和职务犯罪进行调查；以及《中华人民共和国监察法》第十五条监察机关对下列公职人员和有关人员进行监察：（一）中国共产党机关、人民代表大会及其常务委员会机关、人民政府、监察委员会、人民法院、人民检察院、中国人民政治协商会议各级委员会机关、民主党派机关和工商业联合会机关的公务员，以及参照《中华人民共和国公务员法》管理的人员；（二）法律、法规授权或者受国家机关依法委托管理公共事务的组织中从事公务的人员；（三）国有企业管理人员；（四）公办的教育、科研、文化、医疗卫生、体育等单位中从事管理的人员；（五）基层群众性自治组织中从事管理的人员；（六）其他依法履行公职的人员。故选项A排除；
选项B，同理，由监察委立案调查；
选项C，根据《中华人民共和国刑法》第二百七十条规定，侵占罪，是指以非法占有为目的，将代为保管的他人财物、遗忘物或者埋藏物非法占为己有，数额较大，拒不交还的行为。村民丙的行为涉嫌侵占罪，属于告诉才处理的犯罪，故不属于应当由公安机关直接立案侦查的案件，排除；
选项D，根据《中华人民共和国刑法》第二百七十一条规定，职务侵占罪是指公司、企业或者其他单位的人员，利用职务上的便利，将本单位财物非法占为己有，数额较大的行为。丁是民营企业保管员，不属于广义的国家工作人员，其行为性质属于职务侵占罪，应当由公安机关立案侦查。因此本题选择D。