如果纳税人通过转让定价或其他方法减少计税依据，税务机关有权重新核定计税依据，以防止纳税人避税与偷税，这样处理体现了税法基本原则中的（ ）。

参考解析：

实质课税原则是指应根据客观事实确定是否符合课税要件，并根据纳税人的真实负担能力决定纳税人的税负，而不能仅考虑相关外观和形式。所以上述处理是体现了实质课税原则的，当选。A项，所谓税收法定主义原则，又称为税收法律主义原则或税收法定性原则，是指由立法者决定全部税收问题的税法基本原则，即如果没有相应法律作前提，国家则不能征税，公民也没有纳税的义务。“这一意义上的税法律主义正是现代法治主义在课税、征税上的体现”。它要求税法的规定应当确定和明确。该原则的作用在于：一方面使经济生活具有法的稳定性，另一方面使经济生活具有法的可预见性，以充分保障公民的财产权益，不当选。B项，税收公平原则，一般认为税收公平原则包括税收横向公平和纵向公平，即税收负担必须根据纳税人的负担能力分配，负担能力相等，税负相同；负担能力不等，税负不同，不当选。C项，税收合作信赖主义，也称公众信任主义。一方面，纳税人应按照税务机关的决定及时缴纳税款；另一方面，没有充足的依据，税务机关不能对纳税人是否依法纳税有所怀疑，纳税人有权利要求税务机关予以信任，纳税人也应信赖税务机关的决定是公正和正确的，不当选。故本题正确答案选D。