中国证监会最新发布的指引中规定了新的投资限制，但某公基金管理公司因风控人员离职而未能及时在投资系统中设置阈值，导致投资违规，该公司违反了内部控制的（ ）。

参考解析：

基金管理公司内部控制应当遵循健全性原则、有效性原则、独立性原则、相互制约原则以及成本效益原则。A项，独立性原则是指公司各机构、部门和岗位职责应当保持相对独立，公司基金资产、自有资产、其他资产的运作应当分离，不当选；B项，健全性原则指内部控制应当包括公司的各项业务、各个部门或机构和各级人员，并涵盖决策、执行、监督、反馈等各个环节，基金管理人内部控制必须覆盖所有人员，要求各部门之间、人员之间应相互配合、协调同步、紧密衔接，避免只管相互牵制而不顾办事效率的做法，导致不必要的扯皮和脱节现象，为此，必须做到既相互牵制，又相互协调，保证经营管理活动连续、有效地进行，当选；C项，相互制约指基金管理人内部部门和岗位的设置应当权责分明、相互制衡，基金管理人内部的一项业务，如果经过两个以上的相互制约环节对其进行监督和核查，其发生错弊现象的概率就很低，不当选；D项，内部控制的有效性是指内部控制必须讲求效率和效果，所有的控制制度必须得到贯彻执行，内部控制应当约束基金管理人内部涉及基金管理工作的所有人员，任何个人都不得拥有超越内部控制的权利，不当选。故本题正确答案选B。