政府与部门之间行文，应当遵守的规则有：

参考解析：

第一步，本题考查行文规则知识。
第二步，A项：根据《党政机关公文处理工作条例》第十七条，同级党政机关、党政机关与其他同级机关必要时可以联合行文。属于党委、政府各自职权范围内的工作，不得联合行文。党委、政府的部门依据职权可以相互行文。根据联合行文的相关规则，市政府各部门之间联合行文时，应当明确主办部门。A项正确。
B项：直接行文指的是，同级或其他不相隶属的机关之间相互行文时采用的行文方式。市政府部门属于同级机关，如果部门之间需要行文商洽解决的问题，应当直接行文。B项正确。
C项：联合行文就是同级机关、部门或单位可以联合发文的形式。以下部门、机关和单位可以联合行文：一、同级政府、同级政府各部门可以联合行文；二、政府与同级党委和军队机关可以联合行文；三、政府部门与相应的党组织和军队机关可以联合行文；四、政府部门与同级人民团体和具有行政职能的事业单位也可以联合行文；五、军队同级机关可以联合行文，军队机关也可以与相应的地方党政机关联合行文；六、同级党的机关、党的机关与其他同级机关之间必要时也可以联合行文；七、上级政府部门与下一级政府之间也可以联合行文。C项正确。
因此，选择ABC选项。