下列分析不正确的有：（1）普通高等教育本专科招生数占图中三类教育招生总数的比重逐年增加。（2）图中三类教育招生总数增加幅度逐年减小。（3）2005～2009年普通高等教育本专科与中等职业教育招生数的比值逐年增加。

参考解析：

第一步，本题考查综合分析问题，且需选出错误的选项。
第二步，（1）比重比较，定位柱状图，根据比重＝ 部分量/整体量，分母多个数做加法考虑截位舍相同，可得2004~2009年普高本专科占三类教育招生总数的比重依次约为、、、、、，几个分数量级一致，直除首三位依次为：242、247、251、254、269、273，比重逐年上升，正确。
（2）增长率比较，根据（1）中各分式的分母可知，2004—2009年三类教育招生总数依次约为：184，204，217，222，226，234（均为舍去最后一位后的处理结果），2005—2009年增加人数依次是20，13，5，4，8，根据增长率＝增长量÷基期量，2008年、2009年增加幅度分别为、，分母间差异不大，后者分子明显高于前者，则2008年增加幅度低于2009年，错误。
（3）现期比值比较，2005年、2006年普通高等教育本专科与中等职业教育招生数的比值分别为、，结果量级相同，直除首两位分别为76、72，故前者高于后者，可知比值下降，错误。故共有2个不正确。
因此，选择D选项。