不能从上述资料推出的是：

参考解析：

第一步，本题考查综合分析问题，且需选出不能推出的一项。
第二步，A选项，直接读数，定位最后一段文字材料，“（2019年全国地方政府）一般债务限额133089.22亿元，专项债务限额107685.08亿元。截至2019年6月末，全国地方政府一般债务余额118397亿元，专项债务87080亿元”，直接读数可知，截至2019年6月末，地方政府一般债务余额（118397亿元）＜一般债务限额（133089.22亿元）；专项债务余额（87080亿元）＜专项债务限额（107685.08亿元），即截至2019年6月末，地方政府一般债务余额和专项债务余额都控制在限额之内，正确。
B选项，直接读数，定位倒数第二段文字材料，“（2019年1至6月地方政府）一般债券平均发行利率3.53%，专项债券3.43%”，直接读数可知，一般债券平均发行利率高于专项债券：3.53%－3.43%=0.1%，即高了0.1个百分点，正确。
C选项，无中生有，定位全篇材料。未给出2019年5月相关数据，无法求得，错误。
D选项，简单计算，定位最后一段文字材料，“（2019年全国地方政府）一般债务限额133089.22亿元，专项债务限额107685.08亿元”，2019年地方一般债务限额比专项债务限额多133089.22－107685.08=25404.14（亿元），正确。
因此，选择C选项。