下列情形，公民基本权利受到侵犯的有：

参考解析：

第一步，本题考查公民的基本权利和义务知识。
第二步，A项：根据《宪法》第四十六条规定，中华人民共和国公民有受教育的权利和义务。题干中小学生王某有受教育的权利且属于义务教育阶段，即使成绩差，也不能剥夺其受教育的权利。A项正确。
B项：根据《宪法》第四十二条第一款规定，中华人民共和国公民有劳动的权利和义务。题干中某保安公司招聘夜班保安，但在招聘中注明“男性优先”，是由于女性做夜班保安，不利于其人身安全，才规定男性优先。因此公司的招聘未侵犯公民劳动的权利和义务。B项正确。
C项：根据《宪法》第四十二条第二款规定，国家通过各种途径，创造劳动就业条件，加强劳动保护，改善劳动条件，并在发展生产的基础上，提高劳动报酬和福利待遇。题干中某公司的封闭车间夏季未装空调，导致小芳在车间工作时发生晕厥，这表明公司没有改善劳动条件，是对公民劳动权利的侵犯。C项正确。
D项：根据《宪法》第四十九条第二款规定，夫妻双方有实行计划生育的义务。但是应当尊重女性的生育自由权，张先生和李女士结婚时约定为张先生生育两个孩子侵犯了李女士的生育自由权。D项正确。
因此，选择ABCD选项。