具体行政行为的错误，是指在具体行政行为中，行政主体所作的意思表示或者外界理解的意思表示与其真实意思存在明显的矛盾。具体行政行为的瑕疵，是指具体行政行为不具备合法的要件。
根据上述定义，下列属于有瑕疵的具体行政行为的是:

参考解析：

第一步，看提问方式，本题属于选是题。
第二步，找关键信息。
多定义，考查“具体行政行为的瑕疵”，其关键信息如下：
具体行政行为不具备合法的要件。
第三步，辨析选项。
A项：政府计算拆迁补偿费用，这件事本身是合法的，只是适用的法律条文错误，说明“行政主体所作的意思表示与其真实意思存在明显的矛盾”，属于具体行政行为的错误，但并非“具体行政行为不具备合法的要件”，不符合定义；
B项：工商部门对无证经营的个体商户做出行政处罚，这件事本身是合法的，而程序中存在的违规行为未必是违法行为，未体现“具体行政行为不具备合法的要件”，不符合定义；
C项：税务机关对公司做出税务处罚，这件事本身是合法的，而通知书中罚款金额写错，说明“行政主体所作的意思表示与其真实意思存在明显的矛盾”，属于具体行政行为的错误，并非“行政行为不具备合法的要件”，不符合定义；
D项：公安机关对张某做出罚款的行政处罚是“具体的行政行为”，而决定书上未加盖公章，说明其无法律效力，属于“具体行政行为不具备合法的要件”，符合定义。
因此，选择D选项。