一、 “政府主导”与“市场化”对立?
有观点认为，中国应由政府拨款，建立以“广覆盖、低成本”为原则的全民健康保障体系。还有人强调，卫生医疗领域要强化政府责任，包括强化政府的筹资和分配功能以及政府全面干预医疗卫生服务体系的建设和发展的功能。与之相对立，一些学者主张以市场为主导，认为医疗改革的最佳模式应是由政府负责筹措基金，而医疗服务的提供则应尽量由管理有序的市场竞争来完成。
新医改方案认为，在公共卫生领域，政府理所当然要承担主要责任，应该采取公共体制，由财政来筹集资金，由政府来主导;在医疗领域，不管从现实条件来看(我们有国有医院，也有非国有医院)，还是从国际经验来看(国外也分营利医院和非营利医院)，都应该采取混合体制，既要有政府筹资兴办的医疗机构，也要有非政府筹资的医疗机构;在药品生产流通领域，药品的生产和流通应该主要交由市场来解决，而政府主要对准入资格、价格和质量标准等进行监管;在医疗保障领域，可区分不同层次，医疗救助、社会医疗保险、商业健康保险分别由政府承担、国家集体个人分担、个人承担市场运作。
二、发展公立医院还是非公立医院?
发展公立还是非公立医院问题是医疗服务市场发展的方向性问题，也是治理医疗服务市场的策略性问题，发展公立或非公立医院之间的选择会对未来多种所有制并存的医疗机构格局产生重大影响。有人认为，公立医院是医疗市场的主体力量，公立医院的发展关系到国有资产的保值增值，虽然目前面临许多问题，但不能因此放慢公立医院的发展步伐[。另有人提出，应大力促进非公立医院的发展，认为现在“看病贵”并非是市场竞争过度，而是市场竞争不足，所以要引入非公有制经济成分参与医疗市场竞争，提高效率，降低价格。
新医改方案认为，既要改革公立医院，也要同步改革非公立医院，建立一个良好的市场环境。如果没有一个规范的、良性竞争的市场环境，也就无法通过改制将公立医院推向市场。改革是手段，不是目的，形成非营利性医疗机构与营利性医疗机构的良性竞争关系，通过竞争达到资源优化配置和提高效率才是目的。应当通过制定医疗机构发展的产业政策，鼓励非公有制医疗机构进行集团化、规模化和连锁化经营，引导社会投资，弥补财政对医疗系统投入的不足，促进非公有制医疗机构发展，满足不同层次群体的医疗和健康需求，为公立医疗机构更好服务创造条件。
三、新医改怎么处理好药价和医价的关系?
有主张“政府主导”的人认为，医疗服务价格应能保证民众医疗服务的可及性和公平性，应由政府买单。也有人提出，降低药品价格要依靠对医院的合理补偿机制，其中政府放开医疗服务价格是可行方案新医改方案透露要适当提高医疗服务价格，逐步消除以药养医。医和药是医改的关键，医疗服务价格和药品价格管制具有“气球效应”，改革很复杂，难度也很大，不仅涉及医疗服务质量、医疗机构改革、药价管理和费用分担机制调整，也涉及医疗机构和整个药品产业的发展。新医改方案认为，医疗服务价格长期以来背离基础价值，从长期来看应该解决价格扭曲问题，否则医疗服务和护理的质量难以提高。但是目前首要的是把药价降下来，药价降下来以后，医疗服务价格才能适当上涨，医药价格结构调整才能进行。
