第二，亟须专门立法规范。除了一些部门的规章制度，我国目前还没有一部关于科研经费的立项、审批、使用和监管方面的系统法律出台。将科研经费使用问题提上立法日程是当务之急。专家认为，立法中应规定:科研经费的立项、审批应责任连带科技管理部门负责人和课题参加评审人;科研经费的使用和监管责任应连带财务管理部门负责人和审计部门负责人;纪检监察部门依法监管科研经费的立项、审批、使用和监管职能部门及其相关人员，出现违规违纪和科研经费腐败现象坚决予以严惩。

　　第三，利用市场调节机制。科研腐败是吏治腐败的衍生品，是中国科技管理体制天然的自身缺陷使然。仅就科研经费的投入和使用而言，如何避免腐败，通过市场来运作当不失为有效之策。我们完全可以将国家投入的科研资金委托市场中介组织实施招标和监管，再通过配套的财税政策鼓励企业加大研发资金投入。特别是通过资金直接支持和政策(如税收)支持激励民营企业加大研发投入，更是当务之急。

　　第四，加大失信惩罚力度。科研领域缺乏诚信的根本原因是目前我国还没有相关的法律法规对其进行惩罚，一些存在学术腐败的科研人员和机构并不会因为自己的造假行为而受到严厉的惩罚。因而，在建立诚信档案后，还应进一步建立科研诚信相关法律法规，加大对不法行为的惩处力度。

　　第五，保证过程公开透明。现在政府部门的预算都公开了，科研经费没道理不公开。在很多国家和地区，超过100万元以上的科研计划都特别严格，以承担欧盟科技计划的研究人员为例，他们的经费细化到每一天的开支，比如参加学术会议是坐火车还是乘出租车，必须提前一年编制好预算，严格执行，到期不验收或者验收不合格者，取消其项目申报资格。反观我们的科研经费使用，却经常是一笔糊涂账。让科研经费透明公开，加大公众监督，迫在眉睫。