专门管辖是专门人民法院与普通人民法院之间，各种专门人民法院之间以及各专门人民法院系统内部在受理第一审刑事案件上的权限分工。所要解决的是哪些案件由专门人民法院审判以及由哪一个专门人民法院审判的问题。在我国，管辖刑事案件的专门人民法院包括军事法院和铁路运输法院。

　　1.军事法院管辖的案件。根据最高人民法院《解释》第22条的规定，军队和地方互涉刑事案件，按照有关规定确定管辖。这里的规定主要是指最高人民法院、最高人民检察院、公安部、国家安全部、司法部、解放军总政治部2009年发布的《办理军队和地方互涉刑事案件规定》。一般而言，军人和非军人共同犯罪的，分别由军事法院和地方人民法院或者其他专门法院管辖。，但涉及国家军事秘密的，全案由军事法院管辖。

　　2.铁路运输法院管辖的案件。铁路运输法院管辖的案件是铁路公安机关、铁路检察院负责侦破的刑事案件。主要包括：(1)铁路工作区域发生的犯罪案件;(2)针对铁路设备、设施的犯罪案件;(3)火车上发生的犯罪案件;(4)铁路运输系统的职务犯罪案件。

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