电子商务的蓬勃发展使得物流和快递业在近几年飞速发展，形成了一个年均收益上百亿的新兴产业，为此，有人大代表提出议案，应该增设一个专门的行政部门以加强管理，行政组织设立的根本依据是：

参考解析：

第一步，本题考查行政组织设立的根本依据。
第二步，行政组织是行政管理活动的基础，是社会公共事务管理的主体。行政组织有广义和狭义之分。广义的行政组织就是指各种为达到共同目的而负有执行性管理职能的组织系统。它既包括各类企事业单位、群众团体、政党的负有管理职能的组织系统，也包括国家机关中的立法、司法系统中负有执行性职能的各类单位和国家的整个组织系统。狭义的行政组织是指依一定的宪法和法律程序建立的、行使国家行政权力、管理社会公共事务的政府组织机构实体。由题干可知本题问的是狭义的行政组织，即政府机构。政府职能也叫行政职能，是指在依法对国家政治、经济和社会公共事务进行管理时应承担的职责和所具有的功能。它体现着公共行政活动的基本内容和方向，是公共行政本质的反映。政府机构是政府职能的物质载体。政府机构的设置必须依据政府职能这一重要标准。因此，政府职能是政府机构设置的根本依据。
因此，选择C选项。