如果H区环保局在受理Y镇政府提交的环境行政许可申请材料后，认为该行政许可与15号楼王某等12户居民有重大利益关系，则应当：

参考解析：

第一步，本题考查行政许可法。
第二步，根据《行政许可法》第36条规定，行政机关对行政许可申请进行审查时，发现行政许可事项直接关系他人重大利益的，应当告知该利害关系人。申请人、利害关系人有权进行陈述和申辩。行政机关应当听取申请人、利害关系人的意见。由此可知，B项Y镇政府作为申请人、D项王某等12户住户作为利害关系人都有权进行陈述和申辩，B项、D项是正确的。另据《行政许可法》第47条规定，行政许可直接涉及申请人与他人之间重大利益关系的，行政机关在作出行政许可决定前，应当告知申请人、利害关系人享有要求听证的权利；申请人、利害关系人在被告知听证权利之日起五日内提出听证申请的，行政机关应当在二十日内组织听证。故而，Y镇政府作为申请人、王某等12住户作为利害关系人都有要求听证的权利。A项、C项正确。
因此，选择ABCD项。