随着中国农业集约化、现代化程度提高，以畜禽养殖、农药化肥、生活垃圾为代表的农村面源污染日趋严重。
随着农村生活方式的改变，现代工业产品的不断渗入，农村的生活垃圾正日益“城市化”，而农民生活习惯却还没有改变，随意倾倒而没有收集或处理的现象较为严重，再加上配套设施的建设远未跟上，导致一些地区农村公共环境每况愈下。
温家宝总理在政府工作报告中提出，要“实施农村清洁工程，改善农村生产生活条件”。
一、现状
第一，随着现代工业的发展，农村生活水平的提高，含有塑料包装的食品、生活用品在农村已十分普遍，垃圾中的难降解有机物质迅速增加。
第二，农村现在是农业污水和生活污水“二污合流”，已大大超过水体的环境容量。化肥、农药的过度使用，以及集约化养殖业对水环境的污染问题也日益凸现。
第三，农村生活污水和人畜粪便污染问题显现，畜禽粪尿直接排放量，又进一步加剧了水体污染。在养殖业污染上大量畜禽粪便随意露天堆积，导致有害病毒扩散和传播，成为疾病增多和一些传染病流行的重要根源。在生活垃圾上处于无人管理的状态，不少垃圾随意堆积，严重影响着农村的生活环境。
第四，农业工业企业过快无序发展造成农村环境污染排放量较大。大企业大多集中在城市经济开发区内，科技含量相对较高，环境基础设施相对农村来说较为完善，而分布在农村的企业大多是低小散企业，属于粗放型经营模式。
二、存在的主要问题
第一，思想认识不到位，环境意识不强。在农业生产过程中，片面追求数量而忽视农产品质量，忽视农药化肥的大量使用对农村土壤以及河道的污染。
第二，在种植业中，农民只认识到化肥农药简单、方便的好处，大量施用化肥农药，畜禽粪便用作农田肥料的比重大幅度下降，导致养殖业与种植业严重分离，畜禽粪便乱堆乱排的现象越来越普遍，对环境的污染逐年加重。未经处理的畜禽污水中含有大量的氮、磷，造成水体富营养化；而养殖场会产生大量含有氨、硫化物、甲烷等有害物质的恶臭气体，严重污染大气环境，危害人体健康。
三、措施
第一，加强宣传，提高认识。
农村环境污染防治，关键是要把广大农民群众发动起来，使他们像爱护自己的生命财产一样爱护周边的生态环境，真正掌握各种先进适用的污染防治技术。充分利用各种媒体，通过各种有效方式，广泛开展贴近实际、贴近生活、贴近群众的环保宣传和科普教育，在农村营造一个学习生态环境保护知识、宣传环境保护政策、贯彻落实生态环境保护措施的热烈气氛。
第二，要通过各种途径，向农民群众宣传环境保护、村镇规划、公共卫生等知识，开展“创建环境优美乡镇、生态村”主题教育活动，倡导文明、健康的生活方式。
第三，推动农村环境综合整治。
畜禽养殖及集镇生活污水的污染治理，生活垃圾的统一收集填埋，河道“三清”（清淤、清障、清水面漂浮物），以及控制水土流失。积极创建生态村镇，努力提高农村生态建设和环境保护的整体水平，共同来搞好农村环境综合整治工作。
第四，加强科技支撑力度，大力发展无公害农业。
加强无公害农产品的技术指导，按标准建立无公害产品基地，增施有机肥料，减少化肥用量，采用生物农药和生物技术综合保防治病虫害，严禁高毒高残留农药使用，减少农药使用量。
第五，加强镇村、街道公共环境的规划和相应制度建设，对农村农居点、小城镇建设进行规划时，重点应将防治污染与垃圾处理纳入规划中。同时，国家相关职能部门应尽快制定相关的管理制度和技术标准，因地制宜地制定行政法规，依法规范管理农村垃圾和污染物的处理和利用。
